Kiropraktorens diagnose stilles på grundlag af en sygehistorie, en klinisk undersøgelse og eventuelt en røntgenundersøgelse. Når patienten møder frem hos kiropraktoren optages først en sygehistorie, som tager udgangspunkt i patientens klage. Patienten beskriver med egne ord sit problem. Ud fra denne beskrivelse vil kiropraktoren stille uddybende spørgsmål som f.eks. kan dreje sig om arbejdsforhold, tidligere sygdomme og medicinforbrug. Den kliniske undersøgelse tager normalt udgangspunkt i patientens aktuelle problem. Generelt kan det siges, at kiropraktoren vil gå frem som følger:

Som autoriseret medicinalperson samarbejder kiropraktoren med det øvrige sundhedsvæsen, herunder den praktiserende læge.

1) Inspektion
Kiropraktoren vil observere patienten med hovedvægten på muskelkonturer samt en holdningsanalyse af rygsøjlen og ekstremiteterne.

2) Funktionsanalyse
Kiropraktoren vil fokusere på området for en eventuel dysfunktion ved at foretage en aktiv og passiv bevægelse af kroppens led og muskler. For rygsøjlens vedkommende vil det dreje sig om bøjning og rotation af ryggen. Klassiske ortopædiske test indgår som en del af kiropraktorens undersøgelse. Som eksempel kan nævnes strakt benløft ved lændesmerter med udstråling til benet.

3) Palpation
Palpationens formål er at identificere den smertefremkaldende struktur (sene, muskel, knogle, led med mere ). Specielt bemærkes hævelse, temperaturforskelle og konsistensforøgelse. Herefter foretages ved hjælp af ledpalpation en præcis og specifik bevægelseundersøgelse af den lokale bevægelighed af rygsøjlen eller ekstremiteterne.

4) Neurologisk undersøgelse
Her vil kiropraktoren foretage en aktiv muskeltest i relation til det kliniske problem, en undersøgelse af de forskellige følesanser i området samt en vurdering af senereflekserne i ekstremiteterne såvel som mere specielle reflekser, som for eksempel plantarrefleksen. Yderligere kan der om påkrævet suppleres med en undersøgelse af kranienerverne, ligesom specielle kliniske undersøgelsesmetoder kan være nødvendige, eksempelvis Rhombergs prøve ved en vurdering af svimmelhed.

5) Supplerende undersøgelser
Kan eksempelvis være blodtryksmåling i forbindelse med undersøgelse af en hovedpinepatient, stetoskopi af lungerne ved brystsmerter eller rectal undersøgelse ved svære diskusprolapssymptomer eller mistanke om anormale forhold.

6) Røntgenundersøgelse
Kiropraktoren har direkte adgang til at foretage en røntgenundersøgelse af patienten. I sine diagnostiske overvejelser kan kiropraktoren inddrage røntgenundersøgelsen. Formålet med den billeddiagnostiske undersøgelse er primært at udelukke kontraindikationer for kiropraktisk behandling. Det er grundopfattelsen at røntgenundersøgelsen bør undlades, medmindre resultatet med rimelighed kan forventes at påvirke behandlingen. Kiropraktoren vil for eksempel altid foretage en røntgenundersøgelse hvis der under sygehistorien og undersøgelsen opstår mistanke om et brud på knoglerne eller kræft. Har patienten en lidelse, der ikke egner sig til behandling hos kiropraktor, vil patienten af kiropraktoren blive henvist til egen læge.
Der vil ofte være behov for en kombination af lægelig og kiropraktisk behandling. I disse tilfælde vil kiropraktoren naturligvis også henvise til lægelig behandling.